Em 1676, um alvará de D. Pedro II facultou ao bispo D. Fr. António Teles a desmembração de ermida de Nossa Senhora dos Prazeres, dependente que era do Estreito da Calheta, para com alguns casais apartados da Fajã da Ovelha, ser formada uma nova freguesia.
As obras para a igreja postas em licitação pelo Conselho de Fazenda, em 1689, foram arrematadas por Manuel dos Santos, sendo então vigário de Nossa Senhora dos Prazeres, o Padre Manuel Dias Pinheiro.
Mandou o Conselho da Fazenda, em 20 de Novembro de 1745, construir uma nova igreja, em local distante da primeira. Uma provisão de Junho de 1784 concede três arrobas de cera e três cântaros de azeite à confraria do Santíssimo de Nossa Senhora dos Prazeres.
No tempo do domínio miguelista foi esta igreja roubada e profanado o sacrário, o que causou uma geral indignação, sendo mandados celebrar desagravos em todas as igrejas. O Bispo publicou ainda uma pastoral alusiva a este sacrilégio.